Структура Профспілки визначається Статутом. 
Профспілка будується за галузевим принципом.
Профспілка складається з первинних організацій (які можуть об’єднуватися в об’єднання), територіальних (об'єднання первинних організацій, районні, міські, міськрайонні, міжобласні), регіональних (обласні, Київська міська, Кримська республіканська) організацій. 
До Профспілки можуть входити профспілки, нижчі за статусом. 

Регіональні організації Профспілки працівників державних установ України

Одеська обласна організація  профспілки працівників державних установ України Миколаївська обласна організація профспілки  працівників державних установ України Херсонська обласна організація профспілки працівників державних установ України Кримська республіканська профспілкова організація працівників державних установ Донецька обласна організація профспілки працівників державних установ України Луганська обласна організація профспілки  працівників державних установ України Дніпропетровська обласна профспілкова організація працівників державних установ  Харківська обласна профспілкової організації професійної спілки працівників державних установ Україн Кіровоградська обласна профспілкова організація працівників державних установ Полтавська обласна організація профспілки  працівників державних установ України Сумська обласна профспілкова організація працівників державних установ України Чернігівська обласна профспілкова організація працівників державних установ України Черкаська обласна організації профспілки працівників державних установ Київська обласна організація профспілки працівників державних установ України Вінницька обласна організація професійної спілки працівників державних установ України Житомирська обласна профспілкова організація  працівників державних установ України Чернівецька обласна профспілкова організація працівників державних установ України Івано-Франківська обласна організація професійної спілки працівників державних установ України Закарпатська обласна профспілкова організація працівників державних установ Хмельницька обласна профспілкова організація працівників державних установ Тернопільська обласної профспілкової організації працівників державних установ України Львівської обласна організація профспілки  працівників державних установ Рівненська обласна профспілкова організація працівників державних установ Волинська обласна організація профспілки працівників державних установ
Вінницька обласна організація професійної спілки працівників державних установ України
Волинська обласна організація профспілки працівників державних установ
Дніпропетровська обласна профспілкова організація працівників державних установ
Донецька обласна організація профспілки працівників державних установ України
Закарпатська обласна профспілкова організація працівників державних установ
Запорізька обласна профспілкова організація працівників державних установ України
Івано-Франківська обласна організація професійної спілки працівників державних установ України
Київська обласна організація профспілки працівників державних установ України
Кримська республіканська профспілкова організація працівників державних установ
Луганська обласна організація профспілки працівників державних установ України
Львівської обласна організація профспілки працівників державних установ
Полтавська обласна організація профспілки працівників державних установ України
Рівненська обласна профспілкова організація працівників державних установ
Сумська обласна профспілкова організація працівників державних установ України
Тернопільська обласної профспілкової організації працівників державних установ України
Харківська обласна профспілкової організації професійної спілки працівників державних установ України
Хмельницька обласна профспілкова організація працівників державних установ
Чернівецька обласна профспілкова організація працівників державних установ України